林淑端博士在細菌RNA衰變的分子機制及闡明其生物意義有多個創新的重要發現，她不但在1996年發現細菌具有"RNA降解體"的分子器，爾後每一個創新研究發現，都對RNA研究學界產生引領的影響力。 林博士以普遍存在溫血動物(含人類)的腸道細菌"大腸桿菌"作為研究RNA衰變的模型生物，大腸桿菌一方面是腸道重 要的益生菌，另一方面也是致病菌，而大腸菌的存活因生長環境的變化受到很大挑戰，她發現大腸菌生存的重要策 略之一，乃是透過稱為"RNA降解體"之多蛋白複合體的核酸降解分子機制，扮演後轉錄調控基因表達的關鍵作用，調 控細菌存留及適應環境的能力。因此，她的研究發現也增加人類在腸道益生菌及致病菌在缺氧環境下存活機制的進 一步瞭解。
林博士在"RNA降解體"的發現及闡明"RNA降解體的後轉錄基因表達調控的重要性"的研究貢獻，簡要分述如下:
- 全球兩個首先獨立分離"RNA降解體"並鑑定其主要蛋白為RNase E, PNPase, RhlB helicase 和 Enolase的研究團隊 之一 (Miczak et al., PNAS, U.S.A. 93:3865-69，1996;截至今年，該論文已被引用超過285次)。她的新發現是"台灣製造"的原創國際作品。 這項研究發現吸引國際團隊共同研發細菌"後轉錄基因表達全基因組功能分析"尖端技術，在全球首次闡明完整功能 的"RNA降解體"對於基因表達過程，正確的後轉錄調控是必須的，而且清楚敘述各個蛋白分子在調節mRNA降解的 決定性角色(Bernstein et. al., PNAS, U.S.A. 101: 2758-2763, 2004;被引用超過145次)。
- 全球首先闡述整個"RNA降解體"靠RNase E N-端成為細菌內膜的多核酸水解酶蛋白複合體 (Liou et al., PNAS, U.S.A. 98: 63-68, 2001;被引用超過125次以上);又全球首次闡述細胞膜對RNase E核酸水解酶的活性、穩定性及 其受質專一性的作用及重要性 (Murashko et al., PNAS, U.S.A., 109: 7019-7024, 2012)。自從林博士團隊鑑定了"RNA降解體"座落在細菌的內膜，改變學界傳統的觀念，並引領科學家開始分離鑑定更多的次組成蛋白分子，並更 進一步了解其在細胞的分佈和功能，自1996年迄今，促使學界在這方面研究有突破性大進展。
- 全球第一個發現RNase E分割水解功能具有清除細胞內缺損蛋白質的重要性，並闡述RNase E導致穩定小RNA(SsrA-RNA)熟成及標定缺損蛋白質的分解機制 (Lin-Chao et al., PNAS, U.S.A., 96: 12406-411, 1999)，這重要發現 說明細胞利用RNA降解與缺損蛋白質分解之間的互動在執行RNA與蛋白分子的品質監控以利細胞存活。這個研究發現也是全球首次揭示RNase E 切割non-coding RNA前驅物成為具有功能的穩定小RNA的生化反應。迄今，在學 界RNase E 切割non-coding RNA成為具有功能的調控RNA，已成為一個普遍性原則。
- 2002, 2005及2015年的研究報告闡述細菌具有PNPase-RhlB獨立於"RNA降解體"之外之蛋白複合體，是一具高 度演化保留的蛋白功能及結構的細菌版本"exosome-like" RNA水解蛋白複合體 (Lin and Lin-Chao, PNAS, U.S.A., 102: 16590-16595, 2005)。細菌通過這個PNPase-RhlB複合體的功能，調控cysB mRNA降解，來增強細胞抗氧化能力(Tseng et al., JBC, 290: 29953-29963, 2015)。"PNPase/RhlB exosome-like"的原創發現，釐清長期以來認定PNPase在RNA降解體功能角色扮演的迷思(Liou et al., JBC, 277:41157-41162, 2002)。
- 全球第一個發現細菌核醣體蛋白L4具有負調節RNase E的新功能(Singh et al., PNAS, U.S.A., 106: 864-9, 2009)。 這個研究發現受邀撰寫綜論review (RNA Biology 6: 402-406, 2009)。
- 近期再創新發現"RNA降解體"調控細菌厭氧生長的分子機制(Murashko and Lin-Chao, PNAS, U.S.A., 114(38), E8025-E8034.doi: 10.1073/pnas, 2017)。主要在闡述細菌利用enolase 存在"RNA降解體"來調控小RNA的穩定 度，致能讓細菌在缺或是無氧下生長，產生形態變化，進而存活的過程。前人已知絲狀細胞型態與細菌致病性有 關(譬如尿道炎大腸菌)，而 RNaseE及其作用蛋白又普遍地發現在腸道細菌。這重要的創見可以說明enolase連結 於"RNA降解體"是細菌在有氧轉變成缺氧環境下生長的關鍵分子機制。此研究發現是自1996年發現"RNA降解體"後，全球首次揭露為什麼大腸桿菌"RNA降解體"含有糖酵解烯醇酶(glycolysis enolase)之謎。
林博士大學畢業後，曾擔任中學教師四年之久，她鼓勵和引導下一代年輕人使用知識、邏輯和科學方法來解決問 題，並熱情地教導下一代積極參加科學競賽，贏得了最高獎，她對激發中學生對科學研究的興趣具有關鍵影響力。 林博士的實驗室培養的人才涵蓋國際各國，共有12名博士後研究員(包括目前實驗室的兩名博士後)。離開實驗室的9名博士後研究員中，有數名(Vladimir, R. Kaberdin, Dharam Singh, Dimitri. Bessarab, Elena M. Lazakovitch , Bin-Ru She, Jean SJ Chang)分布美國、西班牙、印度、新加坡和台灣繼續從事研究相關工作，並成為受人尊敬的知名學術 研究機構或技術公司的教授、高級研究人員或經理。林博士是少數學者中，能夠本著一生的熱情，不但對學術研 究，同時對推動台灣高等教育的進步有重大的具體貢獻。林博士也是台灣極少數的女科學家中，對於提升台灣基礎 研究成果的國際能見度，及推動台灣高等教育國際化的有顯著且具體貢獻的學者之一。她的研究成果在微生物細菌 學門成為國際領軍人物，也是台灣學者及青年學子的最佳學習典範。
