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萊雅集團(L'ORÉAL) 和聯合國教科文組織(UNESCO) 自1998年起，設立「全球傑出女科學家獎」(L'ORÉAL - UNESCO Awards For Women in Science)，宗旨為表揚女科學家的傑出成就及對社會的貢獻，並以此典範鼓勵更多女性參與科學，促使科學界兩性均衡，進而更加速科學精進。
循此精神由台灣萊雅與吳健雄學術基金會共同主辦，希望透過獎項表揚女性在科學的傑出成就，樹立傑出女科學家的典範，並啟發推動更多女性參與科學研究。「台灣傑出女科學家獎」於每年選出一名擁有中華民國國籍，且對台灣社會著有貢獻的傑出女科學家，提供獎金並舉辦頒獎典禮公開表揚。
首屆「台灣傑出女科學家獎」頒獎典禮於2008年1月順利舉行，受到國內各大媒體的重視和廣泛報導。其後台灣萊雅有感於社會各界的熱烈回響及殷切期盼強化傳承後進的精神，期以實際鼓勵方式，支持勉勵深具科學發展潛力之年輕女科學家，因此於第二屆起增設新秀獎。推動更多女性參與科學的願景，多年來受到各界鼓勵與支持，包括第一屆擔任遴選委員召集人的台大校長李嗣涔教授、各大學術機構及婦聯會於第二屆到第十屆的贊助等。「傑出獎」及「新秀獎」獎金皆由台灣萊雅全額捐助。2012年起再增設「孟粹珠獎學金」一名，用於獎勵在科學研究表現優異的在學博士班女學生，獎金由吳健雄學術基金會劉董事長的子女提供贊助。
「台灣傑出女科學家獎」於2014年納入萊雅集團的「For Women In Science」全球活動的一部分，除了共同致力於在全球及台灣推動科學界的兩性均等，並尋求增進女性投入科研的機會，如全球「For Girl In Science」，台灣的「女高校科學巡迴講座」等計畫，企盼激勵青少女能勇於堅持自我、志竟科學。
自2019年起L'ORÉAL和UNESCO合辦的「全球傑出女科學家獎」將原本僅從「物質科學」領域選出的女科學家，擴展至涵蓋「物質科學」、「數學」、和「資訊科學」三個領域，因此2019年度「台灣傑出女科學家獎」亦隨之因應調整，從上述三大領域的台灣女科學家中遴選得主。
台灣萊雅受萊雅集團 (L'ORÉAL) 和聯合國教科文組織 (UNESCO)合辦之「L'ORÉAL - UNESCO Awards For Women in Science」啟發，邀請吳健雄學術基金會合作，宣布成立台灣第一個、也是唯一的「台灣傑出女科學家獎」。
第一屆「台灣傑出女科學家獎」遴選首屆傑出獎得主，並舉行頒獎典禮。
台灣萊雅有感於社會各界的熱烈回響並支持勉勵深具科學發展潛力之年輕女科學家，「台灣傑出女科學家獎」由第二屆起增設新秀獎一名。
因新秀獎支持鼓勵年輕女科學家廣受好評，改為常設獎項兩名。
為紀念已故國立陽明大學醫技系孟粹珠教授，由前清華大學校長徐遐生教授捐助，「台灣傑出女科學家獎」新設「孟粹珠獎學金」一名，專用於獎勵在學業和研究兩方面皆有優異表現的博士班女學生。2013年起，「孟粹珠獎學金」改由吳健雄學術基金會劉董事長的子女提供贊助。
首度開辦由教育部主辦、台灣萊雅與吳健雄基金會協辦之「高中女校科學教育巡訪活動」，支持鼓勵台灣女高中生，勇於實踐追求科學卓越的夢想。
台灣萊雅公司委託遠見雜誌社，訪問傑出獎和新秀獎得主共計三十四位，聯集出版《她們，好厲害！》一書，並提供作為「高中女校科學教育巡訪活動」學生贈書，鼓舞台灣的年輕女學生以前輩為典範勇敢追求科學夢。
在台灣萊雅的積極努力下，台灣首度參與，推薦台灣優秀女性科學家，參加L'ORÉAL和UNESCO合辦的「全球女科學家獎」（For Women in Science Award）遴選活動，推動台灣傑出女科學家站上世界舞台發光。
2017年為慶祝「台灣傑出女科學家獎」成立屆滿十週年，台灣萊雅特別出資拍攝得主與高中女學生對話的微電影《遇見大師》系列，推廣「我是女生，我可以」的精神，鼓勵年輕學子。
「新秀獎」及「孟粹珠獎學金」獎的年輕得主，得以首度代表台灣參加「全球傑出女科學家獎」其中的「L'ORÉAL-UNESCO International Rising Talent」遴選計畫。
L'ORÉAL和UNESCO合辦的「全球傑出女科學家獎」將原本於西元單數年遴選「物質科學」領域選出的女科學家，擴展至涵蓋「物質科學」、「數學」、和「資訊科學」三個領域，「台灣傑出女科學家獎」亦因應調整，西元單數年獎項從上述三大領域的台灣女科學家中遴選得主。
台灣兩性受教育比例均等，但女性參與科學比例極低。根據教育部104學年數據顯示，大學及研究所就讀科學相關科系的女學生比例僅佔三分之一，到了博士班更是驟減到四分之一。針對科學界男女失衡的現象，台灣萊雅委由《遠見》民調中心2017年進行全台調查，了解家長與民眾對於中學女生投入科研的看法，並加上教育部主辦、台灣萊雅及吳健雄學術基金會協辦的「高中女校科學教育巡訪計畫」講座問卷結果，歸納出三大造成科學研究性別失衡的重要發現，包含：（1）在觀念上，「男生數理比女生好」的偏見已有鬆動；（2）在選擇的行為上，有女兒的家長對「女生念科學可以嗎?」仍有質疑，家長勸阻女兒選讀科學科系的比例相較於對兒子的勸阻高出四倍；（3）在展望職業思考上，女學生和家長對於「未來真能走科學路?」的憂慮則包含信心不足、對兼顧婚姻家庭及工作出路的疑慮。
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