林耿慧博士在跨領域研究上表現傑出，博士班時研究因熵造成空乏力的測量與應用，純化桿狀病毒首度測量到因為桿狀膠體粒子造成 的空乏力，還成功估算出因桿狀的非剛性造成的吸引力修正。另也 成功地利用空乏力來堆疊微米小球，並觀察微米小球在週期鋸齒狀 表面上的自組排列，該技術可用於光子晶體製作。 

在博士後研究時，林博士勇敢的轉換領域到哈佛化學系Charles Lieber實驗室研究奈米線在生物探測上的應用，並成功地結合光學探 測與電性測量的樣品製備。回到台灣後任職於中央研究院物理所。期間做出許多跨領域研究，如自組裝的膠體分子，高分子在奈米通 道的觀測等。最值得注意地就是林博士發明利用微流體通道，做出 均一大小自我排列的泡泡，製作出三維細胞培養基材 (鷹架) ，顯示 不同組織細胞在同樣圓孔鷹架中仍保有原來的組織特性。目前她的實 驗室在這三維均一孔洞泡泡有許多驚人研究，例如力學性質測量，可 改變軟硬度的鷹架。此研究也已成功技轉至加樂生技公司，提升台灣的生技技術。 

林博士的研究廣度包括生物、化材、與物理，研究深度也很足夠，她所發表的論文都被高度引用，目前每篇文章平 均被引用的次數是51次，h-index則有12次。林博士發展出的系統相當獨特，吸引多位國際知名的生物學者和她進行 合作研究。在國內，林博士也不遺餘力地推廣軟物質與生物物理研究，舉辦國際研討會，邀請許多國內外知名學者 來訪，希望激勵年輕學生投入相關研究工作。