余淑美院士為國際享有盛譽之傑出植物分子生物學家，領先全球進行植物缺糖和缺氧訊息傳遞分子機制的尖端科學研究，並曾發表許多高水準的學術著作，受邀於許多國際學術會議演講和主持。她榮獲許多國內外大獎，推崇她在學術研究上的成就和發展水稻生物科技的貢獻。  

余院士是第一位成功利用農桿菌轉殖水稻基因的專家，此為利用基因工程方法改良水稻、水稻分子生物學與功能性基因體學研究不可或缺的技術，目前已被各國廣泛應用，是台灣植物科學上的重大成就。余院士花費10年的時間，領導整合極佳的研究團隊，製造出全球稀有、品質優良的水稻突變種原庫和突變基因資料庫，提供珍貴資源予全球共享，深受蓋茲基金會、許多國際研究機構、大學和生技公司的重視，紛紛尋求合作。余院士不但使台灣的水稻研究在國際舞台發光發熱，而更將對全球穀類育種與增產有重大貢獻。 

余院士的學術成就簡述如下：  
(一)全球第一個成功利用農桿菌轉殖水稻基因，建立水稻基因功能研究的基礎：  
農桿菌為最具效率、簡易、穩定、及價格低廉的植物基因轉殖方法，由於全球許多研究室努力十多年無法成功，曾經被認為幾乎不可能應用於穀類作物。然而，余院士於1993年即完成全球第一個利用農桿菌轉殖水稻基因成功的例子，爾後再由余院士及其他研究室改良，目前已被各國廣為應用。  
 

(二)領先國際尖端科學，研究細胞缺糖、缺氧、與缺營養的共同訊息傳遞與基因調控的分子機制：  
余淑美院士從發現受缺糖調控的產糖相關基因、鑑定其啟動子 (promoter)上的DNA調控序列和mRNA穩定性的決定因子，到發現MYBS1 transcription factor和上游兩個protein kinases- SnRK1A 和CIPK15，深入瞭解缺糖訊息傳遞途徑和基因調控的分子機制。另外，余院士發現在種子發芽時，只要缺糖，缺氮、缺磷或其他營養的訊息，然後可誘導MYBS1與賀爾蒙GA調控的transcription factor - MYBGA共同進入細胞核內合作，然後誘導產生數百個酵素和營養物質的transporter，同步分解種子儲存的各種營養提供幼苗生長。此為一種節省能源且有效利用養分的策略，是相當重要且具突破性的新發現。  
 

近期余院士發現粒線體、內質網、細胞膜及細胞核等4個胞器之間的訊息傳遞，串聯出植物缺糖及缺氧調控基因表現的分子機制。此發現解開數千年來水稻可在缺氧的水中發芽及生長的秘密，並開啟一個全新重要的研究領域。 

  
(三)建立「水稻突變種原庫和基因資料庫」，開放全球學界研究水稻基因功能：  
余淑美院士領導中央研究院、農業試驗所、國立中興大學與亞洲大學的研究團隊，利用T-DNA插入基因體的方法大量製造突變水稻，於2002至2012十年間，完成具有十二萬個基因活化或缺失（gene activation/knockout） 獨立水稻品系之突變種原庫，與具有六萬筆T-DNA插入水稻基因體位置及突變性狀的資料庫，稱為「台灣水稻突變種原庫與資料庫」，簡稱「TRIM種原庫」目前使用者遍佈全球學界與生技界。 

 
(四)發展創新性農業生物技術，並領導國內研究機構和數個大學合作研究水稻基因功能： 
余院士利用抗逆境及增加產量的基因來改良作物，以植物生產具醫藥及工業用途之重組蛋白質及特殊啟動子準確控制基因在植物中的表現。目前已獲27項專利，其中12項技術已轉移至國內、美國、及歐洲之農業生技公司。 

面對人口大量增加與糧食短缺的挑戰，余院士領導國內研究機構和數所大學進行合作計畫，研究如何提高水稻光合作用效率和逆境耐受力，藉此減少資源、能源使用，降地生產成本並增加單位面積產量，達到保護環境、永續農業之理想。 

(五)受國際學術界重視及邀請參與「國際C4水稻合作計劃」，以提高植物光合作用效率 
TRIM種原庫受到由蓋茲基金會支助的「國際C4水稻聯盟」重視，邀請共同執行國際合作計畫。相較於傳統方法，此舉將可加速研究以生物資訊方法，預測出數百個與C4光合作用相關之水稻基因的功能，使台灣的水稻研究在國際舞台佔有重要地位，且將對全球穀類育種與增產有極大貢獻。